Wie sein Vorgänger war der Brera zunächst mit zwei Ausstattungsvarianten erhältlich: "Medium" und "Sky View", wobei der Name des letzteren vom Panorama-Glasdach abgeleitet ist, das für die Top-Ausführung des Brera erhältlich ist. Im Jahr 2008 wurde eine spezielle Verkleidung mit der Bezeichnung TI (Turismo Internazionale) eingeführt, die 19-Zoll-Leichtmetallfelgen, spezielle Abzeichen auf den vorderen Kotflügeln und in den vorderen Kopfstützen aufweist. Neben den größeren Rädern gab es auch größere Brembo-Bremsen und steifere Stoßdämpfer und Federn.

Anfang 2008 wurde der Alfa Romeo Brera bezüglich einiger Details überarbeitet. Das von der Presse kritisierte zu hohe Gewicht wurde vor allem durch Modifikationen am Fahrwerk um 25 Kilogramm gesenkt. Ebenso kamen neue Integral-Sportsitze mit verbessertem Seitenhalt zum Einsatz. Mit dem Entfall der Ausstattungslinie Sky View, deren Panoramaglasdach Bestandteil des neuen Edizione-Pakets wurde, wertete Alfa Romeo die Basisversion durch Brembo-Bremsen und das elektronische Sperrdifferential Q2 bei den frontgetriebenen Modellen auf. Der 3,2-l-V6-Ottomotor war nun ebenfalls mit Frontantrieb erhältlich, das sechsstufige Automatikgetriebe Q-Tronic für den Dieselmotor.

Weiterhin konnte beim überarbeiteten Brera der Kofferraum nun durch einen Druck auf das Markenlogo am Heck geöffnet werden, was vorher nur vom Innenraum aus möglich war.